Stan etatowy wynosił: 48 wojskowych i 5 pracowników kontraktowych.
Składał się on z wydziałów: wywiadowczego, operacyjno-liniowego, szkolenia bojowego, łączności, ewidencji personalnej oraz sekcji porozumiewawczej konfliktów granicznych i przejściowych punktów kontrolnych.
Departament WOP organizował ochronę granic państwa i kierował służbami specjalistycznymi, związanymi z ochroną granic. W tym zakresie podlegały mu wydziały służby pogranicznej okręgów wojskowych, a poprzez nie oddziały ochrony pogranicza. Łączność między wydziałami służby pogranicznej OW a oddziałami ochrony pogranicza zabezpieczały samodzielne kampanie łączności sformowane w okręgach wojskowych.
Na szczeblu okręgów wojskowych utworzono wydziały WOP: wydział WOP I kategorii przy Dowództwie Śląskiego Okręgu Wojskowego, trzy wydziały WOP II kategorii przy Dowództwach Krakowskiego, Pomorskiego i Warszawskiego Okręgu Wojskowego, dwa wydziały WOP III kategorii przy Dowództwach Lubelskiego i Poznańskiego Okręgu Wojskowego.
Sformowano także: jedenaście dowództw oddziałów WOP z pododdziałami obsługi, pięćdziesiąt trzy komendy odcinków, dwieście czterdzieści dziewięć strażnic, siedemnaście samodzielnych kompanii łączności, Samodzielny Zakład Tresury Psów Służbowych.