Sukcesu nie udało się powtórzyć w sezonie 2003, jednak rok później klub ponownie brał udział w finale Pucharu Wysp Owczych, tym razem ulegając jednak HB Tórshavn 1:3. W tabeli ligowej zespół zajął wówczas szóste miejsce. Jako wicemistrzowi archipelagu, w sezonie 2003/2004 klubowi przysługiwał udział w rundzie kwalifikacyjnej Pucharu UEFA 2003/04. Oba mecze przeciwko Lyn Fotball zakończyły się porażką (1:3, 0:6). Honorową bramkę dla NSÍ Runavík zdobył Justinus Hansen w 87. minucie pierwszego meczu. W roku 2004 klub brał udział w pierwszej rundzie Pucharu Intertoto, gdzie uległ Esbjerg fB 1:3 i 0:4. Bramkę dla farerskiego zespołu zdobył Ian Højgaard w 30. minucie pierwszego spotkania.
Sezon 2005 gracze NSÍ Runavík zakończyli na miejscu czwartym w ligowej tabeli. Christian Høgni Jacobsen zapisał się wówczas jako pierwszy król strzelców w historii klubu. Będąc finalistą Pucharu Wysp Owczych, z uwagi na to, że HB Tórshavn został wówczas także mistrzem archipelagu, NSÍ zagrał w pierwszej rundzie kwalifikacyjnej Pucharu UEFA 2005/06, gdzie przegrał oba mecze przeciwko Liepājas Metalurgs 0:3 i 0:3. W kolejnym sezonie NSÍ zajął miejsce piąte, wygrywając dwanaście i remisując sześć z dwudziestu siedmiu spotkań. Jacobsen ponownie został wówczas królem strzelców.