Lata 90. W roku 1990 NSÍ Runavík wywalczył awans do 1. deild, zajmując pierwsze miejsce w drugoligowej tabeli. Rok później zajął miejsce ósme w tabeli najwyższej klasy rozgrywek na archipelagu, by w kolejnym objąć miejsce dziesiąte i ponownie spaść do 2. deild. W 1993 roku bez większego trudu NSÍ zajął pierwsze miejsce w drugiej lidze, co dało mu ponownie prawo do gry w 1. deild. Jack Jacobsen został wówczas najlepszym strzelcem drugiej ligi z czternastoma golami na koncie. Piłkarzom NSÍ udało się utrzymać w najwyższej lidze przez kolejne dwa sezony (1994: 6. miejsce, 1995: 10. miejsce). W 1996 roku ponownie wywalczyli mistrzostwo 1. deild i jak dotąd po raz ostatni grali wówczas w drugiej lidze. W sezonie 1997 NSÍ wywalczył szóste miejsce w tabeli, a w 1998 i 1999 piąte.
2000 – 2009 W 1. deild 2000 zespół zajął czwarte miejsce w lidze, wygrywając połowę z osiemnastu spotkań i remisując trzy. Nieco lepszy rezultat (osiem zwycięstw i cztery remisy) w kolejnym sezonie dał klubowi miejsce piąte. W 2002 roku po raz drugi w historii NSÍ Runavík sięgnął po Puchar Wysp Owczych oraz po raz pierwszy po wicemistrzostwo archipelagu. Trenerem zespołu był wówczas dawny szkoleniowiec kadry narodowej Wysp Owczych Jógvan Martin Olsen.