Podczas wojny obronnej 1939 dowodził Armią „Pomorze” w składzie: Pomorska Brygada Kawalerii, 4 Dywizja Piechoty, 9 Dywizja Piechoty, 15 Dywizja Piechoty, 16 Dywizja Piechoty, 27 Dywizja Piechoty, 26 Dywizja Piechoty (od 5 września), Chełmińska Brygada Obrony Narodowej, Pomorska Brygada Obrony Narodowej, Oddział Wydzielony Rzeki Wisły. Armia, zagrożona z dwóch stron, stoczyła trzy krwawe bitwy: w Borach Tucholskich, pod Bydgoszczą i Nakłem. Udało się nie dopuścić do rozbicia armii, a nawet uratować część Korpusu Interwencyjnego wysuniętego przed linie obronne. 27 Dywizja została wycofana na południe (uzupełniono ją 6–8 września), lecz z 9 Dywizji uratował się jeden pułk (w następnych dniach odtworzono kolejny).

9 września podporządkował się dowódcy Armii „Poznań” generałowi Tadeuszowi Kutrzebie, aby następnie wziąć udział w bitwie nad Bzurą, podczas której walczył pod Łowiczem i Sochaczewem. 14 września – wobec otrzymania meldunku o dużych siłach nieprzyjaciela, zdążających w kierunku pola walki – podjął decyzję wycofania swoich sił na północny brzeg Bzury, co doprowadziło do generalnego odwrotu obu armii w kierunku na Warszawę. 21 września dostał się do niewoli niemieckiej.