stworzyło to możliwość wyjazdu do Austrii dla kilkuset obywateli NRD. Był zdeklarowanym zwolennikiem rozszerzania Unii Europejskiej w kierunku wschodnim.
1 stycznia 2007 tytuł głowy Domu Habsbursko-Lotaryńskiego przejął jego syn Karl Habsburg-Lothringen.
Otto von Habsburg został pochowany 16 lipca 2011 w krypcie cesarskiej kościoła kapucynów w Wiedniu. W uroczystościach pogrzebowych udział wzięli m.in. król Szwecji Karol XVI Gustaw, wielki książę Luksemburga Henryk oraz książę Liechtensteinu Jan Adam II.
Życie prywatne 10 maja 1951 zawarł w Nancy związek małżeński z Reginą, członkinią rodziny książęcej Saksonii-Meiningen i Hildburghausen (zm. 2010). Małżonkowie mieli siedmioro dzieci: Andreę (ur. 1953), Monikę (ur. 1954), Michaelę (ur. 1954), Gabriele (ur. 1956), Walburgę (ur. 1958), Karla (ur. 1961) i Georga (ur. 1964).