Filip zmarł dość szybko, a w 1516 roku jego syn, a więc wnuk jednocześnie Maksymiliana i Ferdynanda Aragońskiego, Karol Habsburg, został królem zjednoczonej Hiszpanii jako współrządca Joanny. W tym momencie rozpoczęło się trwające do 1700 r. panowanie rodu Habsburgów w tym państwie.
Wojna ze Szwajcarią Szwajcarzy nie podporządkowali się ustaleniom Sejmów Rzeszy, odmówili płacenia ustanowionego podatku (Gemeimer Pfennig) i przystąpienia do organizacji okręgowej, co stało się przedmiotem debaty podczas Sejmu Rzeszy we Fryburgu w 1498 r. Habsburgowie nie rezygnowali ostatecznie z prób przywrócenia w Szwajcarii swojej władzy i w 1499 doszło do nowej wojny. Wojsko cesarskie dowodzone przez Henryka Fürstenberga 22 lipca przegrało w bitwie pod Dornach. Maksymilian musiał ulec i 22 listopada 1499 r. w Bazylei zawarł ze Szwajcarami pokój, który nadawał kantonom faktyczną niezależność, choć pozostały formalnie częścią Świętego Cesarstwa Rzymskiego (do roku 1648).