System X.509 jest systemem scentralizowanym, w którym autentyczność klucza jest gwarantowana przez hierarchię urzędów certyfikacji formalnie poświadczających związek klucza z tożsamością jego właściciela. Ze względu na jednoznaczną odpowiedzialność, łatwiejszą do osadzenia w prawie, X.509 jest obecnie dominującym systemem, na którym opiera się aktualnie obowiązujące prawodawstwo o podpisie elektronicznym.
Podpis elektroniczny vs cyfrowy Pojęcia „podpis cyfrowy” i „podpis elektroniczny” bywają traktowane jako synonimy, ale ich znaczenie w kontekście prawnym i nazewnictwie unijnym jest odmienne. Pojęcie „podpisu cyfrowego” (ang. ) zostało zdefiniowane przez normę ISO 7498-2:1989 jako „dane dołączone do danych lub ich przekształcenie kryptograficzne, które pozwala odbiorcy danych udowodnić pochodzenie danych i zabezpieczyć je przed fałszerstwem”.
Na podstawie tej definicji przyjmuje się, że pojęcie „podpis cyfrowy” jest stosowane wobec mechanizmów kryptograficznych i technicznych związanych z podpisem elektronicznym. Do tej kategorii zaliczają się więc liczne zastosowania matematycznej operacji „podpisywania cyfrowego” wykorzystywane np. w protokołach kryptograficznych (np. IPsec), które „podpisują” np. tymczasowe liczby losowe w celu potwierdzenia posiadania klucza prywatnego.