Od końcówki XX wieku miasto dotknęły liczne kryzysy i katastrofy. Lata 80. i 90. XX wieku przyniosły kryzys społeczny wywołany epidemią cracku, która doprowadziła do gwałtownego wzrostu przestępczości i uzależnień. W połowie lat 90. Baltimore należało do miast o najwyższym wskaźniku zabójstw w USA, osiągając tragiczny rekord 353 morderstw w 1993 roku. Przemoc i destabilizacja dzielnic przyspieszyły odpływ mieszkańców i doprowadziły do kryzysu urbanistycznego – pod koniec lat 90. liczbę opuszczonych budynków w mieście szacowano na ponad 40 tysięcy.
18 lipca 2001 roku pożar pociągu z chemikaliami w tunelu pod centrum sparaliżował miasto na 9 dni. W 2003 roku huragan Isabel zalał port i okoliczne dzielnice. Z kolei 26 marca 2024 roku w filar mostu Francis Scott Key Bridge uderzył kontenerowiec, doprowadzając do zawalenia się konstrukcji i zablokowania szlaku wodnego do portu.