Poprzednia świątynia nie przeszkadzała w tworzeniu fundamentów; pozostała nienaruszona aż do wiosny 1635. Wówczas rozebrano go i przewieziono do Gomulina w powiecie piotrkowskim, gdzie służył aż do 1871.
Kolejne przywileje dla miasta zostały wystawione przez króla Jana Kazimierza. Zwalniały one Koniecpol od kwaterunku wojsk oraz od wszelkich powinności na rzecz władcy ze względu na zniszczenia dokonane w czasie wojny ze Szwedami. Podobnie postąpił następny król Jan III Sobieski w 1673, zwalniając ludność koniecpolską od wszelkich ciężarów i powinności z powodu zniszczeń wojennych.
21 listopada 1708 miała miejsce na terenie Koniecpola krwawa bitwa między stronnikami Leszczyńskiego pod wodzą Jana Potockiego – hetmana wielkiego koronnego – a obrońcami Augusta II pod dowództwem Jana Rybińskiego i Ludwika Pocieja.
Miasto podupadało w wyniku zniszczeń wojennych, epidemii pojawiających się w Koniecpolu co kilka lat oraz pożarów zwartej, drewnianej zabudowy rynku.