Około 1610 następny właściciel Koniecpola – hetman Stanisław Koniecpolski ustanowił cechy: kowalski, stolarski, szewski, krawiecki, rzeźnicki oraz konwisarski, sukienniczy i kotlarski. Dzięki niemu w XVII w. funkcjonowała prawdopodobnie w Koniecpolu kolonia akademicka, która miała być podporządkowana Akademii Krakowskiej. Za sprawą hetmana, który chciał doprowadzić do szybkiego rozwoju miasta, w Koniecpolu pojawili się Żydzi.
W 1619 podczas wesela Stanisława Koniecpolskiego z Krystyną Lubomirską hetman obiecał oddać kościół modrzewiowy z Koniecpola mężowi swojej kuzynki, podstolemu gostyńskiemu Mikołajowi Tarnowskiemu. W tym czasie powstały pierwsze fundacje dotyczące budowy nowej świątyni; wójt Koniecpola Melchior Job ufundował ołtarz boczny dla Bractwa Imienia Jezus, ołtarz różańcowy prawdopodobnie owo bractwo, a ołtarz główny obiecał sfinansować Koniecpolski. Plan budowy murowanego kościoła wstrzymała klęska Polaków w bitwie pod Cecorą z Turkami i dostanie się hetmana na trzy lata do niewoli. Po powrocie do kraju prace budowlane rozpoczęły się w 1633, a zakończyły się w 1640, a przez następne lata trwały prace wykończeniowe wewnątrz budynku. 20 czerwca 1644 odbyła się uroczystość konsekracji świątyni za sprawą arcybiskupa gnieźnieńskiego Macieja Łubieńskiego. Kościół istnieje do dziś i jest trzecim stojącym w tym miejscu.