W tutejszych instytucjach naukowych mogło pracować jedynie 35 pracowników izraelskich.
Nie mogąc prowadzić normalnej działalności, podjęto decyzję o przeniesieniu Uniwersytetu Hebrajskiego do nowej jerozolimskiej dzielnicy Giwat Ram. Budowę nowego kampusu ukończono w 1958 roku. W międzyczasie, zajęcia edukacyjne prowadzono w 40 różnych budynkach w całym mieście. W 1961 roku w osiedlu En Kerem wybudowano szpital Hadassa wraz z akademickim kampusem medycznym. Na początku 1967 roku na uniwersytecie studiowało 12,5 tys. studentów. W wyniku wojny sześciodniowej w czerwcu 1967 roku wojska izraelskie zajęły Wschodnią Jerozolimę i Uniwersytet Hebrajski mógł powrócić do swojego pierwotnego kampusu na górze Skopus. Prace remontowe ukończono w 1981 roku i większość wydziałów została przeniesiona do nowego kampusu. W Giwat Ram pozostały Wydział Nauk Przyrodniczych, Akademia Języka Hebrajskiego oraz Biblioteka Narodowa. Utworzono tutaj także Instytut Matematyki Einsteina. W 1985 roku w mieście Rechowot otworzono szkołę weterynarii. W dniu 31 lipca 2002 roku palestyński terrorysta zdetonował bombę w stołówce kampusu na górze Skopus. W zamachu na Uniwersytet Hebrajski zginęło 9 osób – 5 Izraelczyków, 3 obywateli Stanów Zjednoczonych i 1 obywatel Francji.