Znajdując się głęboko poza liniami arabskimi, umożliwiał żydowskiej organizacji paramilitarnej Hagana przeprowadzanie ataków dywersyjnych na tyłach przeciwnika. Z tego powodu, Hagana ufortyfikowała wzniesienie, wykorzystując Uniwersytet Hebrajski jako swoją bazę operacyjną i wysuniętą placówkę obserwacyjną. W tej sytuacji, w lutym 1948 roku rada uczelni zdecydowała się na przeniesienie biur i sal lekcyjnych do Zachodniej Jerozolimy. Głównym powodem podjęcia takiej decyzji była całkowita izolacja enklawy góry Skopus. W dniu 13 kwietnia 1948 roku jadący na górę Skopus żydowski konwój z zaopatrzeniem wpadł w zasadzkę, i doszło do masakry konwoju medycznego Hadassa (zginęło 79 osób, w tym lekarze, pielęgniarki, pacjenci i pracownicy naukowi). Gdy 14 maja 1948 roku wybuchła I wojna izraelsko-arabska, sytuacja w całym obszarze jeszcze bardziej się pogorszyła. W kwietniu 1949 roku zawarto rozejm izraelsko-jordański. Określał on, że teren szpitala Hadassa i Uniwersytetu Hebrajskiego będzie stanowić zdemilitaryzowaną enklawę izraelską na terytorium jordańskim. Nadzór nad jej bezpieczeństwem sprawowały międzynarodowe siły UNTSO. Co dwa tygodnie przez przejście graniczne Bramy Mandelbauma przejeżdżał konwój trzech izraelskich pojazdów, dowożąc zaopatrzenie i nową zmianę ludzi na górę Skopus.