Urząd sprawował do swojej śmierci 1 października 1404. Śmierć Bonifacego IX także spowodowała nawoływanie o odstąpienie od wyboru następcy do czasu śmierci awiniońskiego konkurenta (którym wówczas był Benedykt XIII) lub o uznanie jego władzy. Zwolennikiem uznania Benedykta XIII był np. kardynał Ludovico Fieschi. Także tym razem zabiegi te zakończyły się niepowodzeniem. Poprzestano na spisaniu kapitulacji wyborczej zobowiązującej elekta do podjęcia wszelkich działań, łącznie z abdykacją, w celu zakończenia schizmy. Rzymskie konklawe 1404 roku rozpoczęło się 10 października i 17 października wybrało na papieża Cosimo Gentile Miglioratiego, który przybrał imię Innocenty VII. Sprawował on urząd do śmierci w dniu 6 listopada 1406 roku, w ciągu swojego dwuletniego pontyfikatu nie uczynił jednak wiele w tej kwestii.