Niektóre z księstw Świętego Cesarstwa Rzymskiego w przeciwieństwie do samego cesarza deklarowały poparcie dla papieża awiniońskiego. Niektóre z nich w trakcie trwania wielkiej schizmy zmieniały popierane strony. Portugalia generalnie popierała Rzym, ale w trakcie kryzysu z lat 1383–1385 (tzw. portugalskie interregnum) pretendenci do tronu popierali przeciwne strony. Królestwo Neapolu początkowo popierało papieży awiniońskich, a później rzymskich.
Sukcesja w poszczególnych obediencjach 15 października 1389 roku zmarł Urban VI. Wielu świeckich i duchownych z obu istniejących wówczas obediencji apelowało o wstrzymanie się z wyborem do czasu śmierci Klemensa VII lub o wybranie właśnie jego na wspólnego papieża. W konklawe 1389 roku, które rozpoczęło się 25 października uczestniczyli wyłącznie mianowani przez niego kardynałowie. 2 listopada wybrano neapolitańczyka Pietro Tomacellego, który wstąpił na tron jako Bonifacy IX. Poprawił on wizerunek papiestwa rzymskiego nadszarpnięty przez rządy Urbana VI, ale nie potrafił przywrócić jedności Kościoła katolickiego. Domagał się od awiniońskich papieży uznania swojej władzy w zamian za łaskę dla nich i ich stronników. Klemens VII i jego następca – Benedykt XIII – nie zgadzali się na takie warunki.