W 1655 do miasta sprowadzili się franciszkanie reformaci, którzy wybudowali swój kościół. Po złych czasach Potopu nastąpił jeszcze krótki okres rozwoju po wiktorii wiedeńskiej, kiedy król Jan III Sobieski w 1683 ufundował dzwonnicę w centrum miasta.
9 czerwca 1772 roku rozpoczęła się okupacja Wieliczki przez siły austriackie. W 1784 wybudowano nową drogę do Gdowa, wzdłuż której powstała kolonia józefińska Lednica Niemiecka. W 1809 zdobytą przez Austriaków Wieliczkę włączono w skład Księstwa Warszawskiego. Habsburgowie odzyskali miasto po upadku Księstwa i jego rozbiorze w wyniku ustaleń Kongresu Wiedeńskiego. Od tej pory pod urzędową, niemiecką nazwą stała się częścią Galicji. Za czasów rozbiorów wzrosło bezrobocie, ponieważ Austriacy ściągali nowoczesny sprzęt do kopalni z głębi Austrii, zaprzestano również produkcji machin i narzędzi na terenie miasta i okolic, ponadto z powodu niskich płac w kopalni górnicy polscy zwalniali się masowo, co spowodowało przymusowy przyjazd górników niemieckich, węgierskich, siedmiogrodzkich oraz chorwackich. Zmienił się skład narodowościowy miasta na rzecz ludności napływowej. Po wybuchu w 1846 powstania krakowskiego przy pomocy górników Edward Dembowski przejął władzę w Wieliczce i skarbiec kopalni soli. Został sekretarzem Jana Tyssowskiego, dyktatora rewolucji.