Razem z drużyną "Boeren" holenderski gracz odniósł już wiele sukcesów – cztery razy sięgnął po tytuł mistrza kraju, natomiast jeden raz zwyciężył w krajowym pucharze oraz superpucharze. 30 sierpnia 2008, w inauguracyjnym meczu sezonu 2008/2009 Afellay zaliczył dwa trafienia w pojedynku przeciwko FC Utrecht, a PSV zwyciężyło 5:1.
FC Barcelona 15 listopada 2010 poinformowano, że kluby PSV Eindhoven i FC Barcelona potwierdziły transfer Afellaya do hiszpańskiego klubu. Zawodnik podpisał kontrakt 24 grudnia 2010 obowiązujący do 2015 za kwotę 3 milionów euro. W hiszpańskim zespole będzie występował z numerem 20, takim samym, jak podczas gry przy Philips Stadion. Afellay pierwszy mecz w Barcelonie zagrał z Athletic Bilbao zmieniając Davida Villę w 90 minucie doliczone zostały 3 minuty. Pierwszego gola dla zespołu z Katalonii strzelił w półfinale Copa del Rey przeciwko Almerii. Został wypożyczony na sezon 2014/2015 do greckiego klubu Olympiakos SFP.
Stoke City 28 lipca 2015 roku przeniósł się do Stoke na zasadzie wolnego transferu, po tym, jak wygasł mu kontrakt z Barceloną.