Jakość wykonania wnętrza również odbiegała od standardów w pozostałych modelach BMW.
W 1997 do gamy silników dodano 6-cylindrowy M52B28 znany z E36.
W 1998 wprowadzono sportową wersję M Roadster o pojemności 3.2 z silnikiem S50B32 na rynek europejski oraz słabszym S52B30.
W 1999 silnik o pojemności 1.8 zastąpiono większym M52TUB20 o mocy 150 KM.
W 2000 wprowadzono nową jednostkę napędową M54 o pojemnościach 2.2 oraz 3.0, które zastąpiły poprzednie. W wersji M również nastąpiła zmiana silnika na S54B32 z E46 M3. Te silniki były montowane do końca produkcji Z3.
M Roadster W 1998 oddział BMW – Motorsport – wyprodukował wersję M Roadster ze zmodyfikowanym zawieszeniem oraz silnikiem z BMW M3. Początkowo był to silnik S50B32, lecz został zastąpiony przez S54B32. We wnętrzu zaszły kosmetyczne zmiany, takie jak dodatkowe wskaźniki, podświetlana dźwignia zmiany biegów, chromowane dodatki oraz sportowa wersja foteli.
Wprowadzono również zewnętrzne zmiany: zderzaki o bardziej agresywnym wyglądzie, inne lusterka boczne, większe felgi, poszerzone nadkola, ponadto światła halogenowe zastąpiono tunelami powietrza chłodzącego tarcze, a tylną tablicę umieszczono na klapie bagażnika – w odróżnieniu od standardowych wersji, w których umieszczona była na zderzaku.