przyznawały oskarżonemu prawo do korzystania z usług obrońcy. Dopuszczały stosowanie tortur, zwracały jednak uwagę na konieczność humanitarnego obchodzenia się z więźniami. W świetle zachowanej dokumentacji ocenia się, że za czasów Torquemady tortury były stosowane sporadycznie, choć wynikało to raczej z faktu, że obfitość zeznań uzyskiwanych w trakcie tzw. „okresów łaski” w zupełności wystarczała do skazywania podejrzanych, czyniąc zbędnym uciekanie się do drastyczniejszych środkówH. Kamen, s. 178..
Torquemada, sam prowadzący ascetyczny tryb życia i wydający spore sumy (m.in. z majątków skonfiskowanych skazańcom) na cele religijne, charytatywne i kulturalne (był mecenasem i fundatorem prestiżowych instytucji kulturalnychRino Cammilleri, Prawdziwa historia inkwizycji, przeł. Barbara Żurowska, Wydawnictwo Salwator, Kraków 2005, s. 66.), zachęcał inkwizytorów do prowadzenia skromnego trybu życia i ograniczenia liczby personelu pomocniczego do niezbędnego minimum, zwalczał też nadużycia i korupcję wśród podległych mu urzędników. Równocześnie jednak był zwolennikiem bezkompromisowej walki z „kryptojudaizmem” oraz wyeliminowania z Hiszpanii religii żydowskiej. W 1490 objął osobistym nadzorem proces przeciwko grupie Żydów oraz żydowskich konwertytów oskarżonych o bluźnierstwa, kradzież hostii i mord rytualny.