W 1935 r., kiedy został założony autonomiczny rząd jako forma przygotowania kraju do przyznania niepodległości, Aguinaldo wystąpił ze swoją kandydaturą na urząd prezydenta, ale został zdecydowanie pokonany. Znowu wycofał się z życia publicznego aż do momentu inwazji japońskiej na wyspy w 1941 r. Japończycy starali się wykorzystać jego osobę dla celów propagandowych i zmuszali go do wygłaszania rozmaitych mów, podpisywania artykułów czy wystosowywania apelów radiowych do gen. Douglasa MacArthura, wzywających go do zaprzestania oporu wobec Japończyków i „oszczędzenia kwiatu filipińskiej młodzieży”.
Po powrocie Amerykanów Aguinaldo został aresztowany i razem z innymi oskarżonymi o kolaborację z Japończykami. Był wtedy przetrzymywany w więzieniu w Bilibid. Wypuszczono go dopiero po ogłoszeniu amnestii prezydenckiej. W 1950 r. został członkiem Rady Państwa na mocy dekretu prezydenta Elpidia Quirina. W późniejszych latach poświęcił się problemom weteranów wojennych, promowaniu patriotyzmu i demokracji oraz polepszaniu stosunków ze Stanami Zjednoczonymi.