W nocy 4 lutego wydarzenia nabrały szybszego tempa, wtedy to bowiem rozpoczęły się walki pomiędzy Filipińczykami, którzy otoczyli Manilę, a stacjonującymi w tym mieście Amerykanami. Jednak z biegiem czasu armia amerykańska zaczęła opanowywać sytuację, mimo zaciekłego oporu Filipińczyków. W międzyczasie Aguinaldo wypowiedział wojnę Stanom Zjednoczonym, które w odpowiedzi na to wysłały w rejon konfliktu dodatkowe posiłki. Powstańczy rząd musiał uciekać na północ kraju. W listopadzie 1899 r. Filipińczycy przeszli do walki partyzanckiej, wraz z którą wzrosło okrucieństwo obydwu walczących stron. W czasie trwającej dwa lata wojny zabitych zostało 4 000 Amerykanów i około 8 000 Filipińczyków.
Po trzech latach walk powstanie ostatecznie zostało spacyfikowane, a gen. Frederick Funston pojmał Aguinaldo w jego tajnej kwaterze w Palanan na wyspie Luzon 23 marca 1901 r. Aguinaldo został zmuszony do złożenia przysięgi na wierność Stanom Zjednoczonym, które w zamian za to przyznały mu pensję i umożliwiły wycofanie się z polityki.