W 1818 roku w amfiteatrze szkolnym została ogłoszona konstytucja Rzeczypospolitej Krakowskiej. Tu, do 1846 roku, zbierała się Izba Reprezentantów (będąca odpowiednikiem sejmu) Wolnego Miasta Krakowa. W 1818 z inicjatywy Austriaków szkoła otrzymała nowe imię – św. Anny i pozostała przy nim aż do 1928, kiedy przywrócono pierwszego patrona, Bartłomieja Nowodworskiego.
Od 1898 roku szkoła mieści się przy placu Na Groblach 9. Budynek ten powstał w latach 1897–1899, a został zaprojektowany w 1896 roku przez Józefa Sarego. W jej herbie jest krzyż maltański – Nowodworski służył bowiem w Zakonie Kawalerów Maltańskich.
Szkołę odwiedzało wielu znakomitych gości, a wśród nich był m.in. król Stanisław August Poniatowski, król saski Fryderyk August, a także cesarz Franciszek Józef.
Zarządzeniem Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 1937 zostało utworzone „I Państwowe Liceum i Gimnazjum im. Bartłomieja Nowodworskiego w Krakowie” (państwowa szkoła średnia ogólnokształcąca, złożona z czteroletniego gimnazjum i dwuletniego liceum), po wejściu w życie tzw. reformy jędrzejewiczowskiej szkoła miała charakter męski, a wydział liceum ogólnokształcącego był prowadzony w typie humanistycznym. Pod koniec lat 30.