Gimnazjum zostało otwarte w 1588 roku. Początkowo mieściło się w Bursie Jerozolimskiej u zbiegu Gołębiej i Jagiellońskiej. Szkoła funkcjonowała dzięki zapisom sekretarza królewskiego i rycerza pochodzącego z Tucholi Bartłomieja Nowodworskiego, który w 1617 przekazał olbrzymią, jak na owe czasy, sumę 15 tysięcy złotych. Drugim darczyńcą został w 1630 sekretarz królewski, nauczyciel Władysława IV i Jana Kazimierza, ks. Gabriel Prowancjusz Władysławski. Dlatego też szkoła była znana jako Szkoła Nowodworska lub Władysławsko-Nowodworska. Dzięki niemu w latach 1639–1643 wybudowano naprzeciw kościoła św. Anny nowy budynek szkoły zaprojektowany przez Jana Leitnera (Collegium Nowodworscianum, ob. Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego), która od tej pory nazywana była Nowodworsko-Władysławską. W XVII w. kolegium było najlepszą tego typu szkołą w kraju i przewyższała zdecydowanie pod względem poziomu popularne w Polsce kolegia jezuickie. Właśnie w okresie apogeum rozwoju szkoły, naukę w niej odbywali bracia Jan i Marek Sobiescy (1640–1643). Szkoła została zreformowana w 1777 przez Hugo Kołłątaja.