Всемирное тяготение как следствие образования весомой материи внутри небесных тел [Atrakcja we wszechświecie jako skutek formowania się materii ważkiej wewnątrz ciał niebieskich] (Санкт-Петербург 1889). Swoje rozważania rozwijał na ten temat w następnych pracach: Новый взгляд на причины метеорологических явлений [Pogląd nowy na przyczyny zjawisk meteorologicznych] (Санкт-Петербург 1891) i Строение материи и молекулярные силы [Budowa materii i siły molekularnej] (Санкт-Петербург 1894).
W roku 1901 z powodu złego stanu zdrowia wyjechał do Badenweiler. Zmarł w roku 1902 w Heidelbergu na chorobę nowotworową (mięsaka). Pochowany został na tamtejszym cmentarzu. We wspomnieniu pośmiertnym zamieszczonym w "Przeglądzie Technicznym" w 1902 roku tak go scharakteryzowano: z usposobienia żywy i energiczny, a przy tym uczynny i serdeczny, umiał pozyskać prawdziwą przyjaźń tych co j go znali (...) obdarzony od natury niepospolitymi zdolnościami i usposobieniem czynnym, pozostawił ślady swej działalności zarówno w dziedzinie pomysłów technicznych, jako też w piśmiennictwieA. K. Wspomnienia pozgonne. Ś. p. Jan Jarkowski, "Przegląd Techniczny" nr 22 z 16 maja 1902, s. 272.
Wyróżnienia W uznaniu jego pracy jedną z planetoid nazwano (35334) Yarkovsky.