Spisek i śmierć thumb|150px|left|Zamordowany Zapata ze swoimi oprawcami Niedługo potem gen. Pablo González, który dowodził rządową operacją przeciwko Zapacie, uknuł przeciwko niemu spisek. Polegał on na tym, że por. Jesús Guajardo udał się do Zapaty, w celu odbycia tajnego spotkania na hacjendzie Chinameca w Morelos. Guajardo zdobył przychylność Zapaty w ten sposób, że wcześniej w porozumieniu z Gonzálezem upozorował atak swoich ludzi na oddział rządowy, w którym zginęło 57 ludzi. Zapata wpadł w zasadzkę w umówionym wcześniej miejscu i został zastrzelony przez ludzi Gonzáleza. Jego ciało zostało zabrane do Cuautli i tam też Zapata został pochowany. thumb| Pomnik Emiliano Zapaty w Cuernavaca. Zapatystowska Armia Wyzwolenia Narodowego, która działa w stanie Chiapas od 1994 r., w swojej działalności powołuje się na dziedzictwo pozostawione przez Emiliano Zapatę. Natomiast sam Zapata cieszy się w Meksyku dużym poważaniem i jest uważany przez wielu za bohatera narodowego.