W międzyczasie toczyła się zaciekła wojna domowa. Carranza odniósł kilka strategicznych zwycięstw i zajął ważne miasto Puebla. Było to możliwe dzięki opowiedzeniu się po jego stronie zawodowych wojskowych, którym nie podobała się radykalność Zapatystów. W 1917 r. Villa został już praktycznie pokonany, a Zapata był odizolowany. Pewny siebie Carranza zwołał zgromadzenie konstytucyjne, na które nie zaprosił z oczywistych względów Zapaty. Przybyli tam delegaci uchwalili nową konstytucję i wybrali Carranzę na prezydenta. Od tego momentu rozpoczęło się prawdziwe „polowanie” na Zapatę. W jego ujęciu nie pomagały ani wysokie nagrody, próby przekupienia jego towarzyszy, a także niszczycielskie rajdy (w czasie których mordowano chłopów i niszczono ich domostwa) wojsk federalnych na bazy Zapatystów w stanie Morelos.