Ta wygrana, dzięki nieposłuszeństwu Nelsona, doprowadziła do przyznania mu Orderu Łaźni. Za nieposłuszeństwo i niewykonanie rozkazu, jakiego dopuścił się Nelson, groziła mu kara śmierci. Jednak zgodnie z powiedzeniem „zwycięzców się nie sądzi”, Nelson uratował swoje życie i otrzymał wysokie godności. Głównodowodzący adm. Jervis (otrzymał po bitwie tytuł lorda St. Vincent) podobno miał powiedzieć, że życzyłby sobie, aby każdy łamał rozkazy tak jak Nelson. Po bitwie został 20 lutego 1797 roku mianowany kontradmirałem, jednak awans ten nie był nagrodą za wkład w bitwę, lecz został postanowiony wcześniej i wynikał ze starszeństwa w służbie.
25 lipca 1797 roku, podczas nieudanego ataku na port Santa Cruz de Tenerife na Teneryfie, został ranny w prawe ramię na tyle poważnie, że niezbędna okazała się amputacja ramienia. Nie zdołał przeszkodzić Napoleonowi w wyprawie do Egiptu, ale w roku 1798 pokonał francuską flotę w delcie Nilu. Misja w 1798 r. polegała na nadzorowaniu i przechwyceniu okrętów francuskich dowodzonych przez admirała François Boruyesa, które zdołały wymknąć się do Egiptu. Stało się to możliwe podczas wielkiego sztormu, który zniósł okręty brytyjskie w morze. Pościg podjęty przez Nelsona zakończył się zwycięstwem odniesionym w zatoce Abu Quir (tzw. bitwa nad Nilem).