2 czerwca 2017 muzeum zostało zamknięte, a zarząd PKIN wystąpił do sądu o eksmisję. W odpowiedzi NOT złożyła do sądu pozew o naruszenie stanu posiadania. 9 czerwca tego samego roku doszło do porozumienia FSNT NOT, Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz m.st. Warszawy w sprawie utworzenia Narodowego Muzeum Techniki. W grudniu 2017 NOT przekazała nowo utworzonemu muzeum większość zbiorów Muzeum Techniki i Przemysłu NOT.
Muzeum miało zostać ponownie udostępnione zwiedzającym w 2019 po zakończeniu remontu i dostosowania siedziby głównej do przepisów ochrony przeciwpożarowej. Zostało otwarte w styczniu 2022, jednak bez wystawy głównej. Udostępniono dwie z siedmiu planowanych galerii, poświęcone historii transportu i historii komputerów. W grudniu 2022 roku udostępniono dla zwiedzających kolejne wystawy stałe: ekspozycję główną dotyczącą wkładu Polaków w światowe dziedzictwo techniczne i naukowe oraz dwuczęściową wystawę stałą o historii paliw kopalnych i Ignacym Łukasiewiczu
Dyrektorzy Muzeum Janusz Ciążkowski (1955–1957) Alfred Wiślicki (1957) Czesław Ługowski (1957–1972) Jerzy Jasiuk (1972–2013). Edward Malak (2013–2015) Piotr Mady (2015–2018) Mirosław Zientarzewski (od 2018)