Muzeum utrzymywało się z państwowych dotacji, które utraciło w 2016. Przestało płacić czynsz za wynajem pomieszczeń, składki ZUS i zalegała też z wypłatą wynagrodzeń dla zwalnianych pracowników. W tym samym roku Zarząd Pałacu Kultury i Nauki wypowiedział muzeum umowę najmuMuzeum nie płaci czynszu i pensji. Bez pomocy ministra może upaść. Muzeum miało się wyprowadzić do 30 września 2017, jednak nie zrobiło tego i zajmowało pomieszczenia bezumownie. Na początku 2017 zarząd główny Federacji Stowarzyszeń Naukowo-Technicznych Naczelnej Organizacji Technicznej podjął uchwałę o postawieniu placówki w stan likwidacji. Zwolniono personel, a muzeum miało zostać oddane pod opiekę firmie komercyjnej. W obawie o los eksponatów stołeczny konserwator zabytków wydał decyzję o zajęciu zbiorów i wystąpił do Zarządu PKiN o zabezpieczenie sal. W listopadzie 2017 zadłużenie NOT z tytułu zajmowania przez muzeum powierzchni w PKiN wynosiło 2,8 mln zł.