Kanonicy nie musieli być kapłanami, wystarczyły tzw. święcenia niższe lub nawet sama tonsura. Jednak dostojnicy byli wybierani tylko spośród kapłanów, a spośród ich grona najczęściej wybierany był kandydat na biskupa warmińskiego.
Po inkorporacji Prus Królewskich (w tym Warmii) do Królestwa Polskiego w 1466 przywileje stanów pruskich zastrzegały, że kanonikami kapituły warmińskiej mogą być tylko osoby pochodzące z Prus (ściślej, posiadające indygenat pruski), co zapewniało jej niezależność od wpływów Korony. Przykładem jest Mikołaj Kopernik, który pochodził z Torunia, jednego z miast Prus Królewskich. Toruńczyk Kopernik jako "Prusak" mógł więc legalnie zostać kanonikiem kapituły.
Z terenu dominium biskupiego (Warmii) wydzielono jedną trzecią powierzchni na utrzymanie kapituły. Obszar ten stanowiły trzy komornictwa (inaczej komory lub powiaty) i były to: komornictwo fromborskie (w tym miasto Frombork) - otoczenie Fromborka komornictwo melzackie (w tym miasto Pieniężno) - posiadłości kapitulne w północnej Warmii komornictwo olsztyńskie (w tym miasto Olsztyn) - posiadłości kapitulne w południowej Warmii
Kapituła warmińska w takiej też proporcji ponosiła wydatki związane z funkcjonowaniem diecezji warmińskiej.