W związku z tym następny biskup warmiński, Henryk Fleming, w 1278 przeniósł stolicę diecezji warmińskiej do Fromborka, gdzie prawdopodobnie około 1288 powstała katedra pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny (pierwotnie drewniana, następnie w latach 1342–1388 zbudowana w stylu gotyckim), przy której funkcjonowała kapitułaJan Obłąk Pieczęcie kancelarii biskupiej i kapitulnej na Warmii, w: Rocznik Olsztyński, tom II, str. 119, Olsztyn 1958.
Rola i funkcjonowanie kapituły Główną rolą kapituły był wybór biskupa warmińskiego oraz opieka nad kościołem katedralnym, główną świątynią diecezji. Ponadto sprawowała ona władzę (nie tylko kościelną, ale i świecką) nad jedną trzecią terenu Warmii, a w trakcie wakatu na stanowisku biskupa również nad całym terenem Warmii.
Kapituła warmińska liczyła 16 kanoników, w tym pięciu prałatów miało godności: prepozyta, dziekana, kantora, scholastyka i kustosza. Sprawami majątkowymi zajmował się administrator dóbr kapitulnych, którym był także jeden z kanoników.
Każdy z kanoników piastował swój urząd (kanonię) dożywotnio. Każdemu z nich podczas obejmowania urzędu przydzielano też jeden z 16 bocznych ołtarzy katedry fromborskiej, przy którym zazwyczaj był też chowany.