W 935 roku w wyniku najazdów normańskich Fryzja została bardzo silnie spustoszona. Od X wieku na pograniczu fryzyjsko-holenderskim miały miejsce nieustanne starcia. Region ten chcieli zagarnąć hrabiowie holenderscy i biskupi Utrechtu. Część Fryzji była wtedy hrabstwem feudalnym, jednak znaczna większość to tereny niepodległe, wywodzące się z dawnej organizacji plemiennej i zaciekle broniące swej niepodległości. W rezultacie pod koniec XIII wieku niemal cała zachodnia Fryzja uznała zwierzchnictwo holenderskie, jednak część wschodnia nadal zaciekle broniła swej niepodległości i utrzymała ją jako niezależne hrabstwo aż do XVIII wieku, kiedy to została zagarnięta przez Prusy.
Już od XII wieku budowano system tam (dijken) i kanałów odwadniających (waterschappen). We Fryzji i Groningen osadnicy we wczesnym średniowieczu wznosili całe wzgórza (tzw. po fryzyjsku „terpen”), na których budowali swe wsie. W początku XV wieku do odwadniania zaczęto wykorzystywać siłę wiatru stawiając wiatraki.
Na przełomie XIV i XV wieku nastąpił silny rozwój miast fryzyjskich takich jak: Leeuwarden, Hindeloopen, Emden i Groningen. Biły one własną monetę, prowadziły handel i pośrednictwo handlowe.