Gwałtowny rozwój klasztoru spowodował, że w 1153 r. podjęto decyzję o rozbudowie opactwa o nowe budynki. Według świadków, kościół miał 347 stóp długości i 114 stóp szerokości, zbudowany jako trójnawowy z 11 sekcjami. Zgodnie z regułą cysterską kościół nie posiadał żadnych architektonicznych ani artystycznych ornamentów, aby wyrazić surowość stylu.
Pomimo świetności w dwóch pierwszych wiekach istnienia, opactwo także dotknęły objawy upadku. W 1615 r. Denis Largentier, ówczesny opat, doznał objawienia podczas modlitwy w grobowcu św. Bernarda. Przywrócił on w klasztorze reguły zakonne (jak post, wstrzemięźliwość, praca), dzięki czemu klasztor znów zapłonął porządkiem i gorliwością z jego pierwszych dni. Wtedy to opactwo stało się zaczątkiem odłamu cystersów: Zakonu Cystersów Ściślejszej Obserwancji (Trapistów).
W latach 1616–17 w Clairvaux nowicjat odbył Adam Trebnic, opat klasztoru w Oliwie.
W 1790 r. podczas rewolucji francuskiej w klasztorze było już tylko 26 wierzących, wraz z opatem Dom Louis-Marie Rocourt oraz 10 braci świeckich i 10 osób stowarzyszonych. Po zakończeniu rewolucji francuskiej opat przeszedł na emeryturę i udał się do Bar-sur-Aube, gdzie zmarł 6 kwietnia 1824 r. jako ostatni, pięćdziesiąty pierwszy opat Clairvaux.