Rok później został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Łaźni i osiadł w Scinde House. W 1851 r. został awansowany do stopnia generała-porucznika.

Przez następne lata zajmował się głównie bronieniem brata i jego polityki. Poprawiał również kolejne wydania „Historii” oraz pisał listy do Timesa na tematy militarne i literackie. Jego energia jest tym bardziej niezwykła, że przypomniała o sobie niezaleczona rana odniesiona pod Cazal Nova. Przez nią Napier musiał spędzać wiele miesięcy w pozycji leżącej.

Jego ostatnie lata nie należały do szczęśliwych. Jego jedyny syn cierpiał na nieuleczalną chorobę. Po kolei umierali również jego bracia. W 1853 r. zmarł Charles James oraz kapitan Henry Napier. Dwa lata później zmarł najstarszy z braci, George Thomas Napier. William przeżył do 1860 r., utrzymując się przy życiu tylko pracą. Załamany tragediami rodzinnymi, zmęczeniem i pogarszającym się stanem zdrowia zmarł w Clapham w wieku 75 lat i został pochowany w West Norwood. Na cztery miesiące przez śmiercią otrzymał stopień generała.