Ostatnie lata W latach 30. Napiera pochłaniała praca nad „Historią”, ale interesował się on również sytuacją wewnętrzną Anglii, w której trwała agitacja za i przeciw reformie wyborczej. Na Napiera wywierano naciski, aby kandydował do Izby Gmin, a nawet by objął dowodzenie nad Gwardią i wprowadził reformy na drodze zamachu stanu. Napier jednak nie ugiął się pod naciskami. W 1830 r. awansował do stopnia pułkownika, a w 1842 r. do stopnia generała-majora. W tym samym roku został gubernatorem porucznikiem Guernsey. Na tym stanowisku pochłaniało go kontrolowanie wzajemnych stosunków między garnizonem a mieszkańcami wyspy oraz działania na rzecz reformy zarządzania Guernsey.
Kiedy Napier przebywał na Guernsey, jego brat, Charles James Napier, dokonał podboju prowincji Sindh na obszarze obecnego Pakistanu. Polityka Charlesa w podbitej prowincji nie wszystkim przypadła do gustu. Chcąc bronić działalności brata, William napisał dwie książki: „Historię podboju Scindy” (History of the Conquest of Scinde) w 1845 r. i „Historia administracji w Scindzie” (History of the Administration of Scinde) w 1851 r. Mimo iż książki zostały napisane podobnym stylem jak „Historia”, ale z powodu kontrowersyjnego tematu, jak również powodów ich napisania, nie uzyskały one wielkiej popularności. W 1847 r. Napier zrezygnował z funkcji gubernatora.