Współchorobowość Zapalenie tarczycy Hashimoto może występować samodzielnie, ale może współwystępować z innymi jednostkami chorobowymi, również o autoimmunologicznym podłożu, jak: bielactwo, cukrzyca typu 1, reumatoidalne zapalenie stawów, niedokrwistość Addisona-Biermera, autoimmunologiczne zespoły niedoczynności wielogruczołowej, miastenia, zespół Sjögrena, lub innymi chorobami tarczycy. Choroba może także występować (w 0,5 do 30% przypadków) z brodawkowatym rakiem tarczycy. Jest ona także czynnikiem sprzyjającym występowaniu hiperlipidemii, w ramach której wzrasta poziom cholesterolu całkowitego oraz frakcji LDL i triacyloglicerydów. Hiperlipidemia może z kolei wiązać się ze wzrostem ryzyka sercowo-naczyniowego u pacjentów.
Etiologia Dokładna etiologia choroby Hashimoto nie jest jeszcze znana. Większość publikacji wskazuje, że do powstania choroby dochodzi wskutek interakcji między genetycznymi czynnikami podatności, efektami epigenetycznymi i różnego rodzaju czynnikami środowiskowymi.