Po wprowadzeniu na terenie Prus Książęcych jako obowiązującego wyznania luterańskiego przez księcia Albrechta „odpadły” archiprezbiteraty wraz z parafiami w miejscowościach: Krzyżbork (, dziś Sławskoje w obwodzie królewieckim), Iława Pruska (; , obecnie w obwodzie królewieckim), Frydląd (; w obwodzie królewieckim) i Sępopol. W 1525 z ogólej liczby 243 kościołów (parafialnych i filialnych) 143 odpadły na rzecz nowego wyznania, lub zostały opuszczone. W 1772 parafii było 78.
Wydzielenie dominium biskupiego
Na mocy wcześniej zawartego układu w każdej z pruskich diecezji (z wyjątkiem chełmińskiej) jedna trzecia obszaru diecezji była dominium biskupim, a pozostała część diecezji była zarządzana (gospodarczo i militarnie) przez Krzyżaków. W diecezji warmińskiej owo dominium było w jednym kompleksie, a na terenie pozostałych diecezji części biskupie były rozproszone po terenie każdej z diecezji. Dominium warmińskie przyjęło z czasem nazwę Warmii. Na terenie Warmii lokowane były wszystkie główne instytucje kościelne diecezji warmińskiej. Dominium warmińskie podzielone zostało na dziesięć komornictw. Trzy komornictwa znajdowały się pod zarządem kapituły warmińskiej, a pozostałe w gestii biskupów warmińskich.