Granice diecezji warmińskiej w jej ostatecznym kształcie (przed 1525) przebiegały od północnego zachodu wzdłuż Zalewu Wiślanego do rzeki Pregoły, dalej granica północna biegła lewym brzegiem Pregoły, aż za miasto Wystruć do rzeki Węgorapy, granica wschodnia biegła lewym brzegiem Węgorapy do najdalej wysuniętej na wschód części jeziora Mamry. Dalej (północna granica) wzdłuż linii równoleżnikowej prosto na wschód do granicy litewskiej. Leżąca przy granicy Gołdapia znajdowała się już na terenie diecezji sambijskiej. Granica wschodnia biegła wzdłuż granicy krzyżacko-litewskiej, a granica południowa – wzdłuż ówczesnej granicy biskupstwa płockiego (w przybliżeniu wzdłuż granicy polsko-niemieckiej sprzed 1939), aż do rzeki Omulew. Dalej diecezja warmińska graniczyła z diecezją pomezańską. Dalej granica biegła wzdłuż rzeki Omulew, Jeziora Omulew, potem w kierunku północnym na pewnym odcinku wzdłuż rzeki Pasłęki i dalej do jeziora Drużno. Diecezja warmińska znajdowała się na etnicznych pruskich terytoriach: Pogezanii, Warmii, Natangii, Barcji i Galindii. Terytorium diecezji określa także sieć parafii zgrupowanych wówczas w 14 archiprezbiteratach (dekanatach): braniewski, elbląski, fromborski, krzyżborski, ornecki, pieniężnieński, iławecki, dobromiejski, lidzbarski, jeziorański, biskupiecki, frydlądzki, reszelski i sępopolski.