Zaprzyjaźniła się z wydawcą Morawskich Nowin (Moravských novin) Františkem Kácelem, który zaczął wydawać jej dzieła. Wkrótce poznała również Karolinę Světlą i Sofię Podlipską.
W 1853 r. zmarł jej syn Hynek. Po jego śmierci nasiliły się nieporozumienia z mężem. Josef Němec wniósł pozew rozwodowy, który jednak potem wycofał.
W tym okresie Němcová zbliżyła się do majowców. Jednocześnie wycofała się z życia publicznego. Pojawiła się jedynie na pogrzebie Karla Havlíčka Borovskiego w 1856 r. i złożyła na jego trumnie koronę cierniową.
Jesienią 1861 r. Němcová opuściła męża i przeniosła się do Litomyśli. Próbowała utrzymywać się z pracy dla wydawcy Augusta. Choroba i trudna sytuacja finansowa zmusiły ją do powrotu do męża do Pragi. Niedługo później zmarła. Została pochowana na Cmentarzu Wyszehradzkim w Pradze. Jej mąż spoczął w Táborze.
W literaturze istniało przypuszczenie, że Božena Němcová była nieślubną córką księżnej Katarzyny Żagańskiej lub jej siostry Doroty. Na korzyść tej hipotezy świadczy nie tylko podobieństwo do księżnej, ale również bliskie związki Němcovej z Katarzyną Żagańską i przypuszczenie, że prawdopodobnie była starsza, niż oficjalnie podawała (jako rok urodzenia podaje się 1816 lub 1817).