Małżeństwo Josefa i Boženy nie należało do najszczęśliwszych.
Rok 1840 Němcová spędziła na leczeniu się u doktora Čejki, z którym się zaprzyjaźniła i który poznał ją z ówczesnymi patriotycznymi pisarzami. Rok później (1841) przeniosła się do Pragi. Pod wpływem Václava Nebeskiego i Karla Jaromíra Erbena zaczęła pisać po czesku. W roku 1843 przeprowadziła się wraz z mężem do Domažlic, w których działała jako pierwszy „budziciel narodu”. W 1847 roku znowu opuściła Domažlice. Rok później jej mąż Josef Němec został oskarżony o spisek i przez dwa następne lata małżeństwo Němców przenosiło się z miejsca na miejsce. Dopiero w 1850 roku Josef Němec został przeniesiony na Węgry. Božena Němcová wraz z czwórką swoich dzieci przeniosła się jednak do Pragi, gdzie natychmiast nawiązała kontakty z czynnymi literatami wyrażającymi narodowo-patriotyczne idee. W 1852 roku wyruszyła do męża, po drodze zwiedzając Słowację. W następnych latach odbyła jeszcze kilka podróży na Węgry. W 1853 roku Josef Němec został odwołany ze swojej funkcji. Najpierw obniżono mu płacę o połowę, a później całkowicie ją zabrano. Josef Němec został bez pracy, a Božena Němcová zaczęła szukać pomocy u znajomych z Pragi, jednak często bezskutecznie. W tym samym czasie napisała Babunię.