Z kolei inni taksonomowie grupują hipopotamy w rodzinie Anthracotheriidae, nadrodzinie Anthracotheroidea lub Hippopotamoidea.
Gatunkiem spokrewnionym z hipopotamkiem karłowatym mógł być słabo poznany Hippopotamus madagascariensis (klasyfikowany również jako Choeropsis madagascariensis lub Hexaprotodon madagascariensis), jeden z trzech wymarłych obecnie gatunków z Madagaskaru. H. madagascariensis był rozmiaru C. liberiensis, wykazywał podobny terytorializm, również zamieszkiwał leśne wyżyny Madagaskaru zamiast otwartych terenów rzecznych. Uznaje się, że wyginął w czasie ostatnich pięciuset lat.
Taksonomia rodzaju hipopotamka karłowatego zmieniła się w momencie, w którym zrozumiano, w jaki sposób zwierzę to rozwinęło się. Samuel George Morton początkowo sklasyfikował je jako Hippopotamus minor, lecz później jego wyraźnie odrębne cechy zadecydowały o nadaniu mu własnego rodzaju i oznaczeniu go jako Choeropsis. W 1977 Corydon stwierdził, iż hipopotamek karłowaty jest w istocie blisko spokrewniony z Hexaprotodon, rodzajem składającym się z prehistorycznych hipopotamów, głównie pochodzących z Azji.