Nie przejawia instynktu terytorialnego.
Do dziewiętnastego wieku hipopotamek karłowaty był nieznany poza Afryką Zachodnią. Gatunek sprowadzony został do ogrodów zoologicznych na początku XX wieku, dobrze rozmnażał się w niewoli i większość badań była przeprowadzana na okazach z zoo. Obecnie więcej okazów przeżywa w niewoli niż na wolności. IUCN szacuje, że na wolności żyje mniej niż 3000 hipopotamków karłowatych. Gatunek jest narażony na utratę siedlisk z powodu wycinki lasów i powstawania w ich miejsce terenów rolnych. Zagrożeniem dla hipopotamków karłowatych są również kłusownicy, myśliwi, naturalni drapieżnicy oraz wojny.
Taksonomia i pochodzenie Nazewnictwo hipopotamka karłowatego pochodzi od Hippopotamus. Samiec określany jest nazwą byk, samica to krowa, a młode jest nazywane cielakiem.
thumb|left|Czaszka hipopotamka karłowatego Hipopotamek karłowaty należy do rodziny hipopotamowatych, gdzie jest sklasyfikowany jako członek rodzaju Choeropsis lub Hexaprotodon. Hipopotamowate są klasyfikowane czasami jako podrodzina Hippopotaminae.