Lutosławski zamierzał pozyskać pisarza dla swojej koncepcji nacjonalistycznego mesjanizmu. Mimo konfliktu obyczajowego między hedonistą Przybyszewskim a moralistą Lutosławskim, który znalazł wyraz w ataku Lutosławskiego na twórczość literata (Bańki mydlane, 1899), wizyta obudziła zainteresowanie Przybyszewskiego filozofią genezyjską Juliusza Słowackiego (Na drogach duszy, 1900) i przyczyniła się do jego powrotu z emigracji do Krakowa w tym samym roku.
W Krakowie Przybyszewski objął w 1898 redakcję „Życia”, stając się artystycznym przywódcą Młodej Polski. Zaprzyjaźnił się z Tadeuszem Boyem-Żeleńskim. Żeleński stał się jego nieodłącznym towarzyszem - był zafascynowany pisarzem i był także zakochany w jego żonie, przybyłej do Krakowa niedługo później. Przybyszewski grywał również w brydża z Leonem Wyczółkowskim w mieszkaniu Fałata.
W 1899 nawiązał romans z malarką Anielą Pająkówną, z którą miał jedno dziecko – córkę Stanisławę (1901–1935).
We Lwowie odwiedził w 1899 Jana Kasprowicza, którego żona Jadwiga (1869–1927) zafascynowana twórczością Przybyszewskiego porzuciła męża i córki, by dzielić życie ze Stanisławem. Zamieszkali w Warszawie.