W 1653 wprowadzono karę zsyłki za kradzież, rozbój i fałszowanie pieniędzy, w 1669 za włóczęgostwo, a na początku XVIII wieku także za dezercję z armii i za niemoralne prowadzenie się duchownych. Wtedy też wprowadzono pojęcie katorgi. Wobec wszystkich tych kategorii zesłanie było karą dodatkową poprzedzoną różnymi okaleczeniami i piętnowaniem. Od 1762 na zesłanie, a od 1765 na katorgę mogli wysyłać chłopów pańszczyźnianych również ich właściciele. Był to pierwszy przypadek, gdy o zesłaniu decydował ktoś inny niż władze.
Drugą cechą tego okresu zesłań był wielki wzrost zesłanych z powodów religijnych, politycznych oraz narodowościowych. Zajęcie wschodniej Ukrainy przez Rosję w 1654 i późniejsza walka z niezależnym kozactwem zainicjowała falę zesłanych Kozaków, stłumienie buntu strzelców przez cara Piotra I w 1698 przyniosło około 3 tys. zesłanych, a rozprawa z opozycyjnymi bojarami przez carycę Annę w latach 1731–1740 spowodowała wysłanie głównie na Syberię 20 tys. ludzi. Największą falę zesłanych przyniosły zesłania raskolników zaczęte w 1653 i trwające intensywnie do końca XVIII wieku. Liczbę zesłanych szacuje się na ponad 100 tys. ludzi.