Ugliczan przesiedlono w 1593 na Ural, gdzie zbudowali osadę Pełym. Zsyłką oficjalnie objęto również dzwon, w który bito na alarm po odkryciu zwłok (co spowodowało zgromadzenie się tłumu i w konsekwencji rozruchy). Uroczyście utrącono mu ucho, odcięto serce, wybatożono i wywieziono do Tobolska (powrócił z zesłania w 1892). Pierwszymi słynnymi syberyjskimi zesłańcami indywidualnymi była bojarska rodzina Romanowów (Iwan i Wasilij z rodzinami), późniejszych władców Rosji. Zesłał ich do Pełymu car Borys Godunow w 1601 i byli tam do 1602. Z 1617 znane jest pierwsze zesłanie jeńców wojennych, w postaci 60 Polaków i Litwinów osiedlonych w okolicy Tobolska. Generalnie w okresie 1593 – 1645 zesłano na Syberię 1500 osób, w tym 600 jeńców (głównie Polaków i Litwinów, ale także Szwedów i Tatarów).
Drugi okres zesłań, cechujący się wielkim wzrostem liczby zesłańców oraz zmianą składu społecznego i narodowego zesłanych, zaczął się w 1649, gdy po raz pierwszy wprowadzono karę zesłania za przestępstwa kryminalne (opuszczenie wsi przez poddanych). Nastąpiła szybka zmiana prawa, nakierowana m.in. na jak najszerszą zamianę kar śmierci na dożywotnie zesłanie. Od tego czasu starano się preferować wysyłanie na Syberię, a nie na północ europejskiej Rosji.