W 1909 obronił na UJ pracę habilitacyjną, krótko przed śmiercią otrzymał tytularną profesurę uniwersytetu; w 1906 został wyróżniony doktoratem honoris causa UJ.
Pierwszą pracę naukową pt. Przyczynek do fauny pajęczej napisał w klasie VII gimnazjum i opublikował w „Rocznikach Krakowskiego Towarzystwa Naukowego” w 1871 roku. W pracy tej wylicza 185 gatunków pająków z okolic Krakowa. Inne publikacje to: Araneae Hungariae 1–2 (1891–1897, z Chyzerem) i Fragmenta Arachnologica 1–18 (1905–1915). Od 1877 współpracował z Komisją Fizjograficzną Akademii Umiejętności, był jej sekretarzem od 1880, od 1895 członkiem korespondentem AU, przewodniczącym sekcji zoologicznej oraz kustoszem; przez wiele lat redagował „Sprawozdania Komisji Fizjograficznej AU”. Od 1884 był członkiem Towarzystwa Zoologiczno-Botanicznego w Wiedniu, od 1894 członkiem-korespondentem AU (1912 członek rzeczywisty, 1914 sekretarz Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego), od 1907 członkiem honorowym Polskiego Towarzystwa Przyrodniczego im. Kopernika. Był także taternikiem, członkiem honorowym Towarzystwa Tatrzańskiego. Od jego nazwiska nazwano Żleb Kulczyńskiego na stokach Koziego Wierchu.