Przebudowa kościoła w XVII i XVIII wieku thumb|Barokowy ołtarz główny z obrazem Ukrzyżowanie W 1597 r. Farę przekazano w wyłączne użytkowanie katolikom. Podczas wojen szwedzkich, w latach 1626–1635, ponownie trafiła ona w ręce miejscowych protestantów. Koniec XVII i cały wiek XVIII to okres, w którym wyposażono kościół w większość znanych nam dziś ołtarzy i sprzętów liturgicznych.
W 1686 r. biskup Bonawentura Madaliński zalecił ówczesnemu proboszczowi Franciszkowi Czarlińskiemu, by „bez zwłoki” zbudował nowy ołtarz główny. Cztery lata później był on już gotowy, jednak dopiero przed 1779 rokiem pomalowano go i wyzłocono. Zajmuje całą powierzchnię wschodniej ściany prezbiterium; jego szerokość wynosi 8,60, a wysokość 14 m.
Poziom artystyczny bogatej dekoracji snycerskiej, głównie pochodzących z początku XVIII w. obrazów: „Ukrzyżowanie” i „Opłakiwanie” pozwala uznać go za wybitne dzieło późnobarokowej sztuki pomorskiej. Podobnie pozostałe ołtarze wykonane w I poł. XVIII w.: św. Jana Nepomucena, św. Rocha, św. Jakuba, św. Józefa, św. Anny (obecnie Matki Boskiej Częstochowskiej) oraz św. Jana Chrzciciela (obecnie Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny), stanowią interesujący zespół zabytków jednorodnych stylowo, ciekawie zróżnicowanych pod względem formy i treści. thumb|left|Ambona, II ćw. XVIII w. W II ćw. XVIII w.