Fara podczas reformacji Rok 1457 i związane z nim przejście Tczewa pod polskie panowanie nie miał tak zasadniczego znaczenia dla historii Fary jak reformacja, której pierwsze echa dotarły do miasta już ok. 1525 r. W kilka lat po wystąpieniu Marcina Lutra większość tczewskich parafian, w przeważającej części Niemców, przeszła na protestantyzm. Jako że od średniowiecza cechy miejskie były właścicielami poszczególnych kaplic i ołtarzy kościelnych, z ich inicjatywy zaczęły odbywać się tam nabożeństwa zreformowane.
We wspólnym władaniu katolików i luteran kościół był do roku 1595. W tym okresie doszło do groźnego incydentu, który poważnie zagroził całej budowli. Jesienią 1577 roku część wojsk Stefana Batorego idąca na Gdańsk rozbiła obóz pod murami Tczewa. 4 października, w wyniku przypadkowego zaprószenia ognia przez żołnierzy spłonęło niemal całe miasto. Fara straciła wszystkie dachy. Sklepienia, poza kilkoma w bocznych kaplicach, na szczęście nie runęły. Powstałe szkody usunięto po ok. sześciu latach. Niepowetowaną stratą było spłonięcie wszystkich akt i przywilejów miejskich przechowywanych w Wieży Kleszej nieopodal kościoła.