W Warszawie założył pierwszy w Polsce instytut zapobiegania wściekliźnie oraz stacje badania produktów spożywczych.

W 1893 Rada Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego zaproponowała mu objęcie nowo utworzonej katedry higieny. Bujwid przeniósł się do Krakowa, mimo że konserwatywne grupy uniwersyteckie z rezerwą i niechęcią odnosiły się do nowych prądów przyrodniczo-naukowych propagowanych przez przybysza z Kongresówki. Od początku rozwinął niezwykle intensywną działalność naukową, a ponadto stworzył w Krakowie drugi na terenie kraju zakład szczepień pasteurowskich.

Obok publikowania licznych rozpraw naukowych, aktywnie pracował społecznie. W 1896 wybrany radnym m. Krakowa, przyczynił się do założenia wodociągów i sieci kanałów w mieście. Był zwolennikiem upowszechnienia oświaty, współtwórcą miejscowego III koła Towarzystwa Szkoły Ludowej, organizatorem – wraz z żoną – pierwszego gimnazjum żeńskiego, popierał walkę kobiet o dopuszczenie do studiów uniwersyteckich. Przyciągał do siebie młodych ludzi o nowoczesnych poglądach, a jego dom stał się ogniskiem skupiającym przedstawicieli postępowej inteligencji krakowskiej. W okresie międzywojennym był członkiem Rady Przybocznej Prezydenta oraz w latach 1931–1933 Tymczasowej Rady Miejskiej.