Burzliwe dla Siedlec były lata 1902–1907, gdy organizowano strajki szkolne w proteście przeciwko nauczaniu religii w języku rosyjskim. Dokonywano zamachów na przedstawicieli władzy administracyjnej i policmajstrów. Po jednym z zamachów we wrześniu 1906 r. doszło do pogromu i grabieży ludności żydowskiej. Żołnierze rosyjscy zabili kilkadziesiąt osób, a ponad 200 ranili. Pogrom ten zahamował ruchy rewolucyjne w Siedlcach.
Rozwój miasta Na burzliwe dzieje miasta wpływały również klęski żywiołowe (wielkie pożary miasta w latach 1855, 1865 i 1874 roku). Szczególnie niszczące były dwa ostatnie, które w połączeniu z efektami powstania styczniowego były dotkliwe dla mieszkańców miasta. Pomimo ucisku narodowego okres zaborów był dla Siedlec okresem rozwoju. Ożywieniu uległ handel, pojawił się przemysł. Rozwój gospodarczy spowodował poszerzenie granic miasta.
W okresie zaborów powstał szereg obiektów publicznych związanych z rozwojem miasta, budowali je najwybitniejsi architekci epoki. Antonio Corazzi zaprojektował gmach obecnej poczty oraz budynek gimnazjum gubernialnego (dziś IV Liceum im. Stanisława Żółkiewskiego). Henryk Marconi zaprojektował w I poł. XIX w.