Pod koniec 2006 objął funkcję prezesa Lokomotiwu Moskwa. Rok później, z powodu niezadowalającego sezonu, otrzymał wymówienie. Wkrótce potem otrzymał propozycję pracy – w charakterze szkoleniowca – w Dynamie Kijów. Z klubem ze stolicy Ukrainy dwukrotnie zdobył wicemistrzostwo kraju oraz dotarł do półfinału Pucharu UEFA, w którym Dynamo uległo w dwumeczu innemu ukraińskiemu klubowi Szachtarowi Donieck. Po zakończeniu sezonu 2008–2009 po raz trzeci powrócił do pracy szkoleniowej w Lokomotiwie Moskwa.
23 grudnia 2010 ponownie objął stanowisko głównego trenera Dynama KijówЮрий Сёмин подписал контракт с «Динамо». Официальный сайт ФК «Динамо» (Киев). Po dwóch wysokich porażkach 1:4 z PSG oraz Szachtarem Donieck w ciągu jednego tygodnia 24 września 2012 został zwolniony z klubuUA-Футбол. Официально. "Динамо" объявило об увольнении Семина.
W 2013 stał na czele azerskiego FK Qəbələ.